L'avantage principal de Vagon est sans doute sa capacité à transformer n'importe quel appareil en poste de travail haute performance, que ce soit pour des travaux de conception graphique, de modélisation ou pour toute autre activité nécessitant une grande puissance de calcul. Ceci, sans avoir à investir dans du matériel informatique coûteux et souvent rapidement obsolète. De plus, avec Vagon, les mises à jour et l'entretien sont gérés par l'équipe de Vagon, ce qui réduit considérablement les coûts de maintenance. En plus, Vagon permet de travailler à distance avec une facilité et une flexibilité exceptionnelles. Enfin, étant une solution peer-to-peer, Vagon permet à ses utilisateurs d'accéder à leurs données en toute sécurité et en tout lieu.

Cependant, bien que Vagon offre de nombreux avantages, certaines difficultés peuvent survenir. En premier lieu, il se peut qu'une connexion Internet stable et rapide soit nécessaire pour utiliser efficacement ce service. En effet, la lenteur de la connexion peut affecter la qualité de la performance de travail. Deuxièmement, comme avec tout service en nuage, des questions de sécurité des données peuvent se poser. Il est alors recommandé de s'assurer que des mesures de sécurité appropriées sont en place. Enfin, certains utilisateurs peuvent trouver le service un peu complexe à appréhender au départ. Un temps d'adaptation et de familiarisation avec l'interface peut être nécessaire.